ストーリー

MOTHERの管理下に置かれた「完全遺伝子の持ち主」として主人公は産まれる。
主人公は他の市民と同様にMOTHERに忠誠を誓うよう記憶を操作されているのである。

ある時、主人公は目的不明のまま輸送される途中にその消息が失われる。
これは主人公自身は意図した事でなく、ある目的のためにワザとそのように仕向けらたものであった。
主人公は死亡と判断され、MOTHERの管理帳簿から抹消され、完全遺伝子を持った人間としての「ゴーストナンバー」となる。
何年か後、山猿のように育ち、再び人界に現れる。

そして、同じ目的で「ゴーストナンバー」となっていたM.A.I.DROIDリムナと出会い、(何処でどの様にかは今の所未定。)
移動要塞(巨大戦艦?どの様にして手に入れるかは未定。また、その詳細も不明。)でウロウロしながら
仲間である他の「ゴーストナンバー」のM.A.I.DROID達(今の所、カッシナ・アクリス・ミニオ・クリス・プティ)を集めていく。
そして戦いを続けながら、最後にMOTHERを打ち倒す…。
「最終的にはそれを目指すはずです(笑)」(瀬田哲也氏)